秘鲁濒临太平洋，沿海多优良港口，海运发达，是对外贸易的主要运输方式。内陆地区尤其是亚马逊地区河流纵横，水路运输便利。秘现有海港19个，河港4个，湖港1个，其中卡亚俄等港口设备比较先进，管理比较规范，现代化程度较高。

1、卡亚俄（Callao）

位于该国海岸中部，毗邻首都利马，是秘鲁最大港口，也是南美在太平洋的主要港口之一。港区有南北两条防波堤合抱，港外西南有圣洛伦岛作屏障，港内中部和南部有从陆岸向西北伸展的大突堤和向西伸展的四个小突堤。大突堤两侧各有一个泊位，水深9.7-10.9米；小突堤南有4个顺岸泊位水深10-10.9米。此外，从南防波堤向东北伸展的突堤两侧有4个泊位，水深9.1-10.6米；西北防波堤内还有两个油轮泊位，水深10.9米。全港总计有23个泊位。秘鲁对外贸易主要依靠该港口。近年来，因秘进出口贸易增长，其吞吐量不断提高，2010年达3100万吨，占全国港口吞吐总量的45%;集装箱吞吐量达134万标准箱，占全部港口的88%.入港船舶3672艘次，出港船舶3664艘次，占全国港口接待船舶数量的29.6%.秘鲁对外贸易有70%的商品都经由该港装卸。

2、派塔港（Paita）

位于皮乌拉大区派塔省，是秘鲁西北的重要综合性商港。水深10.67米，可系泊4艘1万吨的船只。港内有5个泊位，适合全长170.68米，吃水9.14米的船只。泊位上有些起重机，拖拉机，轨道拖车和货物铲车，还有拖船可使用。钢筋混凝土防波堤，长365米，宽36米。良好的锚地，水深12.80-18.29米，距海岸0.8-1.61公里。该港以特许经营权方式交由外资企业运营管理，2010年吞吐量达127万吨，其中集装箱货物吞吐量为96万吨，12.6万标准箱。

3、伊洛港（Ilo）

秘鲁南部重要港口，位于莫盖瓜大区伊洛省。港内深水防波堤长304.8米，设有2个泊位，每个长196.4米，水深10.97米。一个顺岸码头，长105.12米，最小水深为7.01米，防波堤泊位主要用作鱼粉出口装船。另一条防波堤长457.2米，原属秘鲁南方铜矿有限公司。两边的泊位长182.88米，水深10.97-18.28米，使用船上的装置卸货物。第一海上油船泊位，北距伊洛镇0.5公里，有1根直径6英寸海底油管，将海上油船泊位与镇上炼油厂的贮油罐连接起来。该泊位还设有1根4英寸的输出鱼油的管道，用以出口鱼油。第二海上油船泊位，距伊洛市北面，有海底油管通向铜矿公司的贮油罐。第一海上油船泊位能系泊45000载重吨的油轮。2010年该港吞吐量282万吨，以液体散货为主，其次是干质散货，集装箱吞吐量为3.1万标准箱。

4、马塔拉尼港（Matarani）

位于该国南部阿雷基帕大区东南，秘鲁重要商港，是秘鲁政府通过转让特许经营权方式实施私营化的第一个多用途港口，现代化程度较高，港内吊机最大吊装重量达63吨。港区在由陆向西南伸展的岬角西北岸，有岬角顶端向北伸展600米长的防波堤保护，港池水深11米，有4个顺岸泊位，各长150米，沿边水深9.15米。主要用于出口矿石、羊毛、咖啡、皮革等并进口杂货。2010年吞吐量达448万吨，主要是散货，集装箱吞吐量仅为1.8万标准箱。

5、伊基托斯港（Iquitos）

位于秘鲁洛雷托大区东北部，是亚马逊河上的重要港口。港区水深超过18米，河面宽600米。从巴西的亚马逊河河口港贝伦逆流而上，大概需要10-12天航程，因航道中有沙洲，中间可能需系泊待航两次。远洋轮全年可抵达，但易受到河水水位涨落的影响。在洪水季节（每年的11月至次年的6月），河道最大吃水为7.92米，而7-10月的最大水深为5.49米。2010年该港口吞吐量为98万吨。进港船只3850艘次，出港3887条，占全国港口进出港船舶数量的31.2%.

除以上港口外，皮斯科（位于南部，包括圣马丁港，主要的油气输出港）、塔拉拉（北部，主要的石油输出港）、巴约瓦尔和钦博特等港口也比较重要。